国学大师刘文典学问大，脾气更大。“北伐”成功后，刘文典任安徽大学文学院筹备主任，代行校长职权。鉴于时政的原因，当时学生们动辄罢课，当局极为敏感，这种情形让身担校长职责的刘文典很是为难。是时，有预科学生王某思想活跃。某日国民党安徽省党部通知刘文典说王某是共产党员，要他对其严加监视。因说是“证据确凿”，刘文典遂命令校警丁某到王某宿舍进行搜查，不料还真搜出了“秘密文件”。刘文典于是立即叫传达室的王裕祥送王某离校。当晚，国民党的便衣特务便来校搜捕王某，不料扑了个空。当局问罪，学校一再推诿，最后不了了之。王某因此得救，故对刘文典感恩不已。对于当局迫害进步青年的行径，刘文典极为愤慨，顶撞道：“大学不是衙门！”刘文典随口说出的一句话成为民国时期流传在知识分子间的一句口头禅。同时也成为一种精神象征。

刘文典一生中最为人称道的举动是当面顶撞蒋介石。蒋介石有一种“教育情结”，对大学情有独钟，一生最喜欢别人称他“校长”。蒋介石在安庆时，特地提出要到安徽大学视察一番。不料，代行校长职权的刘文典竟几次拒绝蒋介石前来视察、“训话”。有人说，这不太好吧。刘文典说：“我刘叔雅并非贩夫走卒，即使高官也不应对我呼之而来，挥手而去。蒋介石一介武夫耳，其奈我何？”慷慨之言，掷地有声。

最终蒋介石还是来了。蒋介石一行到达安徽大学后大吃一惊，只见学校里冷冷清清，毫无生气，既无欢迎标语，也不见师生列队，只有几个瘦骨伶仃、土里土气的仆役旁若无人地洒扫劳作。蒋介石是什么人，何曾受过这样的冷遇？于是他大为恼火，顺手招了个员工，恨恨地说：“来人，把你们校长找来！”不多时，一位骨瘦如柴的老头走了过来。来人一袭长衫，破旧不堪，油迹斑斑，扣子也没扣，衣服实在是邋里邋遢，潦倒得不成样子。——娘希匹，长成这鸟样子，也配当校长？素来讲究礼仪的蒋介石几乎瞬间失去理智，大声喝问道：“你就是刘文典？”来人不以为然地说：“字叔雅，文典只是父母长辈叫的，不是随便哪个人叫的。”刘文典不仅没叫蒋介石“主席”，反而傲然地问：“你就是蒋介石？”蒋介石怒斥道：“无耻文人！你怂恿学生闹事，该当何罪？”刘文典大声反驳起来：“我只知道教书，不知道谁是共产党。”这时，蒋介石说：“你这校长是怎么当的？不把你这学阀撤掉，我就对不起总理在天之灵！”谁知，刘文典也毫不相让：“提起总理，我跟他在东京闹革命时，还不晓得你的名字哩！”说到激烈处，两人互相拍桌大骂，蒋骂刘是“老封建”，刘骂蒋是“新军阀”。末了刘文典又说：“你是带兵打仗的，把军队管好就行，大学里是我校长说了算！”争吵的结果是蒋介石恼羞成怒，命人当场将刘文典抓起来关进大牢，并声称要枪毙刘。

刘文典入狱后，全国上下一片呼吁、声援。刘文典家人更是急得团团转，实在走投无路了，只好到南京去求蔡元培、蒋梦麟、胡适一班人。这些人都是刘文典在北大时的老领导，有话好说。后来，蔡元培、陈立夫等人立即求情，分别致电蒋介石，好话说了一箩筐，刘文典这才免去牢狱之灾。但蒋介石仍提出一个条件——“即日离皖”。刘文典满腹怨气，心里咽不下这口气。直迄后来，他还得意地对人说：“我这一生除被一位老和尚打过，没有谁敢打我。他蒋介石虽然把我关进了牢房，但他也不敢动手打我。”

刘文典出狱后，安徽无论如何是待不下去了。无奈之下，他只好北上，最终落户清华。至此，刘文典开始老老实实、本本分分地做起学问来。